1999(H11)年4月より15施設の内科定点が加えられ、計38の定点となって７シーズン目となった。2006(H18)年の報告数は6,584件であり、1999年以降では第4位の中規模の流行であり、今年の数を1996(H8)年以降の10年間の年間平均患者で除した流行指数は1.13と平均的であった。
　地区別の報告数は東部（隠岐を含む）1,712件（流行指数1.01、定点当り患者数131.7人）中部2,172件（同1.28、181.0人）西部2,700件（同1.12、207.7人）と流行規模は西部で大きかった。
　2次医療圏別では、定点当り報告数が最も多いのは大田圏域（239.0人）で、次いで浜田圏域（207.8人）益田圏域（188.8人）であり、松江圏域（126.6人）が最も少なかった。
　県全体では前年最終週に、週の定点当り報告数が1人以上になり流行が始まった。圏域別では浜田、益田等（第52週）で早く、最後の隠岐も第2週には流行が始まった。各圏域で４〜5週がピークとなった。隠岐圏域の第10週より雲南圏域の第14週の間に全圏域（県全体で第13週）で終息した。その後18〜25週にかけ全県で小さな再燃がみられた。
　全報告数（前年12月の81件を加算）に対する月毎の割合は、12月1.2%、1月43.1%、2月47.2%、3月6.8%、4月0.2%、5月1.0%、6月0.4%であった。本年の発生は1月後半から2月前半の比較的短期間に集中した感がある。
　年齢別では、1歳代から5歳代までが、いずれも６〜７％を占めて多かった。5歳以下は35.7%を占め、昨年（36.9%）と同様であった。1歳未満は2.5%（2003年3.5%、2004年2.6%、2005年5.7%）であった。60歳以上は3.1%（2003年3.9%、2004年4.8%、2005年4.9%）、80歳以上は1.1％であった。
　流行ウイルスは１〜3月の流行時はA香港型が主体であり、５〜６月の小再燃はB型によるものであった。

　2006(H18)年のインフルエンザも含めた総患者数は26,985件であった。1999(H11)年に実施要綱が開始され2000(H12)年より成人のインフルエンザが加わったことを考慮しなければならないが（20歳以上で454件から2,382件）、これを凌ぐ報告数は14年前の1992(H4)年まで遡る。流行指数も1.46と大きかった。
―患者報告数が特に多かった疾患―　（　）内の数値は流行指数。
　本年は例年に比べ多い疾患が多かった。
咽頭結膜熱：1,162件（5.63）。全国的にも過去10年間で最大の流行であったが、島根県の流行は特に大きく、1982(S57)年のサーベイランス事業開始以来、最大であった。第2位が2004(H16)年の581件であり、昨年も480件と比較的多く、ここ3年多発が続いている。
伝染性紅斑：936件（3.65）。1987(S62)年2,015件、1992(H4)年1,324件に次いで大きい流行であった。この間に1998(H10)年504件、2002(H14)年437件の流行がある。
流行性耳下腺炎：2,501件（2.41）。全国的にも最大規模の流行であった。これに匹敵する流行は1996(H8)年2,471件まで遡り、さらに1989(H元)年に3,017件の流行があった。３〜4年間の流行年の後、2年間の非流行年になるパターンがみられる。2005(H17)年も936件と多く、さらに１〜２年流行が続くように思われる。
Ａ群溶連菌咽頭炎：1,162件（2.17）。サーベイランス事業開始以来、最大の流行である。1千件を超える流行は1988(S63)年1,009件、1991(H3)年1,288件、1992(H4)年1,051件のみである。
感染性胃腸炎：9,781件（1.66）。本年に匹敵する流行は1984(S59)年9,201件、1986(S61)年9,913件、1991(H3)年9,215件である。2004(H16)年、2005(H17)年も7,000件を超え多かった。
―患者報告数が例年並みであった疾患―　（　）内の数値は流行指数
ヘルパンギーナ：845件（1.24）。過去11年間でみると最多が2003(H15)年の1,105件、最少が1998(H10)年の310件と、同じエンテロウイルスによる手足口病に比べ変動幅が小さい。
水痘：2,157件（1.21）。ここ11年では最多であったが、最少であった1998(H10)年も1,578件あり、毎年、同規模の報告数となっている。
突発性発しん：820件（0.95）。「流行」と表現する疾患ではない。ここ11年では最多が2004(H16)年の1,093件、最少が2000(H12)年の681件と変動幅は比較的小さい。
―患者報告数が例年より少なかった疾患―　（　）内の数値は流行指数
手足口病：537件（0.61）。ここ11年間では最多が1998(H10)年の1,655件、最少が1996(H8)年の59件と変動幅が大きい。本年はここ11年間で第4位に少なかった。
―定期予防接種対象疾患―　（　）内の数値は流行指数
麻しん：０（0.0）。サーベイランス開始以来、初めての報告なしの年となった。1982(S57)年に1,759件、1990(H2)年1,243件のような年も含め、1997(H9)年までしばしば百件を越えた。
1998(H10)年に10件未満なって後、2000(H12)年から2002(H14)年の3年間、47〜97件となり2003(H15)年から再び10件未満になっていた。
風しん：8件（0.23）。1992(H4)年5,167件のような特大の流行を含め、しばしば千件を超えていたが、1994(H6)年より、1997(H9)年を除き百件未満となり、2000(H12)年からは10件未満が続いている。
百日咳：3件（0.13）。1982(S57)年〜1991(H3)年の間は22〜423件（平均163件）の報告があったが、1992(H4)年から2000(H12)年の間は17〜63件（平均35件）に減り、2001(H13)年以降は2004(H16)年の31件、2005(H17)年の12件を除き10件未満（平均10件）である。
―RSウイルス感染症―
　二度の冬を越えるとほぼ全乳幼児が罹患する。また、通常、感染の確認は入院例でおこなわれる。したがって報告数は流行株の悪性度を反映する。2003/2004年シーズンは第1週〜第17週。2004/2005年シーズンは第50週〜第13週。2005/2006年シーズンは第39週（9月下旬）〜第22週（6月第1週）と長く、総報告数は139件、ピークは11月28件、12月46件であった。2006/2007年シーズンは39週、42週に各1件の後、48週より流行が始まり、12月には77件とこれまでで最大の報告があった。

―各地区での流行指数の上位疾患（突発性発しんを除く）−（　）内は流行指数
東部（隠岐を含む）：咽頭結膜熱（5.96）、伝染性紅斑（4.68）、流行性耳下腺炎（3.76）、A群溶連菌咽頭炎（3.53）、感染性胃腸炎（2.72）
中部：咽頭結膜熱（7.55）、伝染性紅斑（3.07）、流行性耳下腺炎（2.70）、A群溶連菌咽頭炎（2.01）
西部：伝染性紅斑（3.14）、咽頭結膜熱（3.02）
　本年の特徴は下記といえる。
（１）中部・東部で咽頭結膜熱が特大の流行を示した。
（２）全県で伝染性紅斑が、東部・中部で流行性耳下腺炎が、東部で感染性胃腸炎がそれぞれ大流行した。
―定点当りの報告数の圏域比較―（　）内は定点当りの報告患者数
咽頭結膜熱：出雲圏域（88.8）、松江圏域（70.6）、雲南圏域（42.0）と中部以東で多く、大田圏域（0.5）で少なかった。昨年の最多は出雲圏域（34.0）。
Ａ群溶連菌咽頭炎：松江圏域（86.6）、出雲圏域（68.2）、雲南圏域（64.5）と中部以東で多く大田圏域（12.0）で少なかった。昨年の最多は雲南圏域（70.0）。
感染性胃腸炎：松江圏域（666.4）、出雲圏域（456.8）で多く、益田圏域（89.0）で少なかった。昨年の最多は松江圏域（514.9）。
水痘：松江圏域（148.3）、出雲圏域（93.8）、雲南圏域（92.0）で多く浜田圏域（31.7）で少なかった。昨年の最多は松江圏域（112.1）。
手足口病：大田圏域（40.5）、雲南圏域（34.0）、松江圏域（32.1）で多く、浜田、益田、隠岐の各圏域（3.0〜9.0）は少なかった。昨年の最多は隠岐圏域（75.0）。
伝染性紅斑：雲南圏域（66.0)、松江圏域（56.6）で多く、大田圏域（9.0）で少なかった。昨年の最多は雲南圏域（28.0）。
ヘルパンギーナ：松江圏域（60.1）、出雲圏域（52.6）で多く、他圏域は11.0〜16.5人であった。昨年も多かったのは松江圏域（40.1）と出雲圏域（30.6）のみであった。
流行性耳下腺炎：隠岐圏域（202.0）が特大の流行の他、112.2〜143.6人と多かった。浜田圏域（59.0）と益田圏域（25.3）のみは少なかったが、2004年と2005年の最多はそれぞれ益田圏域（109.3）と浜田圏域（75.7）であった。

月は4週に換算）にみた県全体の全疾患の患者発生報告数は、2月（4,848件）、1月（4,752件）、12月（2,357件）、11月（2,288件）の順に多く、この4か月で年間の56.4%を占めた。
　逆に少ない月は順に、9月（895件）、8月（1,002件）、4月（1,316件）であった。
　月間で特に多い疾患は1月と2月のインフルエンザ（それぞれ2,821件、3,083件）、11月と12月の感染性胃腸炎（それぞれ1,597件、1,219件）で11月の感染性胃腸炎は最近10年間の月間患者数として突出して多かった。
―流行に季節変動のみられた疾患（月別報告数は1か月4週に換算）―
咽頭結膜熱： 3月（135件）と6月（185件）は非常に多かったが、最少の10月にも32件あり、通年性に報告された感がある。3月は中部（100件）で多く、6月は東部（108件）で多かった。
A群溶連菌咽頭炎：6月（131件）と11月（138件）、12月（199件）に山があったが、最少の8月も51件あり、この疾患も通年性に報告された。東部は12月（107件）に突出して多かった。
感染性胃腸炎： 11〜12月に特大の流行があった。東部と中部は11月の流行が突出していたが、西部では11月より12月の方が多かった。なお、2004年は4月、2005年は1~2月と12月に大きな流行があった。
水痘：例年通り、冬季（1月、224件。12月、412件）と初夏（5月、224件。6月、215件）に山があり、夏から初秋（8月、9月、10月；それぞれ55件、68件、79件）に少なかった。地区の差は小さかった。

　月別（1か 手足口病：夏の流行はほとんどなく（6月、35件）、10月（70件）より流行し12月（136件）が最多であった。ピークは西部8月、中部10月、東部12月と移動した。
ヘルパンギーナ：例年通り、7月（224件）、8月（397件）と夏に流行し、この二月に集中していた。西部では流行が目立たなかった。
伝性性紅斑：2004年3月頃より流行の兆しがあり、2005年6月頃よりさらに漸増しだし、本年1月（186件）をピークに流行した。7月より減少傾向がはっきりし、10月より散発となった。本年の動向は全県で同様であった。
流行性耳下腺炎：2005年5月頃より流行しだし、本年1月、2月（256件）が最多であったが、最少の4月も132件あり通年性に流行が続いた。

ＲＳウイルス感染症：6か月未満が29.6%、6か月以上1歳未満が16.3%、1歳代が37.8%を占め、2歳未満で計83.7%を占めた。
突発性発しん：６か月未満が9.1%、6か月以上1歳未満が58.2%、1歳代が30.2%を占め、2歳未満で97.7%を占めた。これらの数値は例年と同様であった。
1歳代が最多であった疾患：咽頭結膜熱（1歳代の占める割合22.5%）、感染性胃腸炎（19.2%）、水痘（29.4%）、手足口病（32.6%）、ヘルパンギーナ（32.8%）であり昨年と同様であった。これらは7歳未満の就学前の児に広く分布している。
他の年代が最多であった疾患：A群溶連菌咽頭炎（5歳、16.3%）伝染性紅斑（4歳、16.1%）、流行性耳下腺炎（4歳、17.1%）であった。
成人の水痘：20歳以上の水痘は2003(H15)年13件、2004(H16)年24件、2005(H17)年21件、2006(H18)年24件あった。ちなみに、1996(H8)年と1997(H9)年の16歳以上の水痘は6件、6件であり、近年、成人の水痘が増加していることが示唆される。
成人の流行性耳下腺炎：20歳以上の流行性耳下腺炎の件数は2003(H15)年以降それぞれ、12件、16件、17件、53件であった。1996(H8)年と1997(H9)年では16歳以上で30件と５件であった。

　1985(S59)年206件、1992(H4)年113件のような流行はみられないものの、この10年の始めの３年間（1996(H8)年〜1998(H10)年)に県西部優位に２桁（10〜29件）の発生があった後は全県で１桁（0〜4件）の散発をみるのみである。

　1986(S61)年から1995(H7)年の10年間は、毎年全県で３桁の報告があり、1988(S63)年には全県で946件の報告がみられたこともある。直前の10年間は1996(H8)年（全県255件）以降
３桁のままで漸減し、2000(H12)年（全県112件）の報告があった後は、２桁の報告が続いていた。2005(H17)年に125件の報告があった（西部106件）が、2006(H18)年には全県で38件と２桁の報告件数に戻っている。2006(H18)年は、東部16件、中部6件、西部19件と県全域で散発的報告に止まっている。流行指数は直前10年間の報告数の影響が残っており、全県で0.32と低値にあるものの、東部で本年の報告数が13件と、やや多かったのを反映して、流行指数1.11を示している（表５，６，７）
　月別発生状況では、東部、中部で主として春から夏にかけて報告の山がみられるのに対し、西部では年間を通して報告がみられている。
　年齢別では、20歳代〜40歳代に一峰性の大きな山があり、従来大流行の年にみられた幼少児期、学童期等、集団生活に起因する流行があまりみられなくなったことによるものと思われる（表10）。

細菌性髄膜炎：3件報告された。年齢別では乳児1件と60歳以上2件であった。いずれも中部からであった。1999(H11)年以降の8年間で計24件となった。
無菌性髄膜炎：22件（流行指数0.97）。ここ11年で5位の報告数であった。すべてが中部からで、21件は6月から8月にみられた。年齢別では1歳以上10歳未満が18件を占め、成人例は2件あった。
マイコプラズマ肺炎：16件（流行指数0.42）。集計対象が異型肺炎からマイコプラズマ肺炎に変わった1999(H11)年からでみると流行指数は1.09で島根県で例年並みであったが、全国的には初夏以降、大流行であった。特に隠岐で5月に大流行し、11月にも多かった。
クラミジア肺炎：5件。中部から4件、東部から1件で、4月、5月、10月に報告があった。年齢別では6か月以上12か月未満の乳児4件、80歳以上1件であった。
成人麻しん：報告なし。集計対象となってから報告のあったのは2001(H13)年の1件のみである。