分離されたウイルスは表17に示すように17種類440株が分離または検出され、これを血清型で分類すると37種類となった。
　以下に代表的な疾患群のウイルス分離状況について述べる。
咽頭炎
　33検体から５株が分離され、全てアデノウイルスであった。血清型は３種類に分類され、２型が１株、３型が３株、５型が１株であった。
扁桃炎
　８検体から３種類４株が分離され、アデノウイルスの２型、３型が各々１株、コクサッキーウイルスＡ５型が１株、パレコウイルスが１株であった。
インフルエンザ（疑いを含む）
　230検体から７種124株のウイルスが分離された。この内インフルエンザウイルスは、流行の主体となったＡ香港型（AH3）が96株、流行期後半に断続的に分離されたＡソ連型(AH1)が６株、シーズン後半にＢ型が12株分離された。その他ではアデノウイルスの３型、４型が各々１株、コクサッキーウイルスＡ５型が１株、コクサッキーウイルスＢの２型、５型が各々１株、エコーウイルス９型、18型が各々１株、単純ヘルペスが１株が分離された。
咽頭結膜熱
　73検体から４種類のウイルス39株が分離された。本疾患の起因ウイルスであるアデノウイルスは４種類の血清型に分類され、ほぼ年間を通して分離された３型が25株と最も多く、１型、２型が各々３株、５型が２株であった。また、全アデノウイルス分離数56株中33株が咽頭結膜熱に由来していた。
手足口病
　29検体から11株が分離された。今年は７月から10月の間に小流行が起こり、コクサッキーウイルスＡ16型とエンテロウイルス71型が主に分離された。
ヘルパンギーナ
　61検体から46株のウイルスが分離された。今年は４月から10月の間に比較的大きな流行が起こり、主にコクサッキーウイルスＡ４型、５型、10型が分離された。この他にコクサッキーウイルスＢ５型とエコーウイルス18型、30型が分離された。
無菌性髄膜炎
　60検体から21株が分離された。本年は県中部の限局した地域でエコーウイルス30型による本疾患が小流行したためこの血清型が14株と多く、この他にエコーウイルス９型、18型、25型とエンテロウイルス71型が分離された。
感染性胃腸炎
　234検体の内133検体から検出または分離された。Ａ群ロタウイルスは１月〜４月の間に39検体から、ノロウイルスＧ�Uは夏季を除く季節に54検体から検出され、エンテリックアデノウイルスは主に７月〜11月の間に７検体から検出または分離され、多く検出または分離されたウイルスには季節性が認められた。また、この他にも各種のウイルスが分離され、検査した疾患の中で最も多種類のウイルスが検出または分離された。

　年間を通してみると、インフルエンザウイルス、感染性胃腸炎の起因ウイルスとなったノロウイルス、Ａ群ロタウイルスは冬期に多く検出された。また、ヘルパンギーナの主な起因ウイルスとなったコクサッキーウイルスＡ群は夏季の６〜８月に多く分離されている。
　以下に代表的なウイルスについて月別にあげる。
アデノウイルス
　主に１型、２型、３型が分離され、これらの血清型はほぼ年間を通して分離された。この他に４型，５型が分離されているが、分離株数が少数なため季節性は分からなかった。
コクサッキーウイルスＡ群
　Ａ４型は５〜８月に、Ａ９型は４月〜９月の春から夏の季節に分離されたが、この他に５型，10型、16型が分離されているが分離株数が少ないため季節性は分からなかった。
コクサッキーウイルスＢ群
　本年は昨年同様、本ウイルスによる目立った流行がなかった。
エコーウイルス
　５月〜９月の温暖な時期にエコーウイルス９型、16型、18型、30型の流行が起こり、無菌性髄膜炎や発疹症の他、さまざまな疾患から分離された。
インフルエンザウイルス
　流行の主流であったＡ香港型（AH3）が11月〜３月までの間に多数分離され、また、Ａソ連型(AH1)は１月上旬〜３月中旬にかけて断続的に分離された。これらの型の流行が終息したのと入れ替わるようにＢ型が３月中旬からシーズンが終わる６月中旬まで分離された。
下痢症関連ウイルス
　ノロウイルスは冬季の感染性胃腸炎の主な原因ウイルスとされている。本年は５月〜８月を除く全ての月から検出されているが、多く検出されたのはやはり冬季の10月〜12月の間であった。また、この間は、全国で本ウイルスによる集団食中毒・感染症が多発し、厚生労働省は国民に対して感染予防の注意を呼びかけた期間でもあった。
　Ａ群ロタウイルスは１月〜４月の間に検出されたが、多く検出されたのは昨年のノロウイルスの流行がほぼ終息した１月〜２月の期間であった。
　また、この他にサポウイルス、Ｃ群ロタウイルス、アストロウイルス、エンテリックアデノウイルスが検出されているが、検出数が少数なため季節性は分からなかった。

　適切な検査材料と採取時期が感染症の病原体診断のために重要な要素である。現在、定点医療機関において呼吸器系感染症は咽頭拭い液を主体に糞便を補助的に加え、胃腸炎症状は糞便、髄膜炎症状では脊髄液、咽頭拭い液、糞便、そして水疱を伴う発疹症は水疱液、咽頭拭い液、糞便、眼疾患では結膜拭い液、咽頭拭い液等の検査材料を採取してもらいウイルス分離および検出を行っている。
　以下に材料別のウイルス分離頻度を示す。
咽頭拭い液
　453検体中194検体からウイルスが分離された。主に分離されたのはインフルエンザウイルスの39株で、その内訳はＡ香港型（AH3）が32株、Ａソ連型(AH1)が４株、Ｂ型が３株であった。この他にヘルパンギーナの起因ウイルスとなったコクサッキーウイルスＡ４型が30株、発疹症の起因ウイルスとなったコクサッキーウイルスＡ９型が17株、咽頭結膜熱の起因ウイルスとなったアデノウイルス３型が33株分離された。
鼻腔拭い液
　117検体中75検体からウイルスが分離され、そのウイルスのほとんどがインフルエンザウイルスで、内訳はＡ香港型（AH3）が64株、Ａソ連型(AH1)が3株、Ｂ型が6株であった。
　また、鼻腔拭い液からのインフルエンザウイルスの分離率が高率であったのは、医療機関において実施されるインフルエンザ迅速キットで陽性になった患者からウイルス分離用の検体が採られたことによると考えられた。
便
　250検体中145検体からウイルスが分離および検出された。主に検出されたのは感染性胃腸炎患者からのノロウイルスＧ�Uの53例、Ａ群ロタウイルスの39例、エンテリックアデノウイルスとアストロウイルスの各々８例であった。
脊髄液
　52検体中15検体からウイルスが分離された。この検体は無菌性髄膜炎患者由来が多く、主に分離されたのはエコーウイルス30型の12株であった。
眼脂結膜拭い液
　18検体中４検体からウイルスが分離され、分離率は低率であった。主に急性出血性結膜炎や流行性角結膜炎を疑った患者から採取した検体で、分離されたウイルスはアデノウイルス５型１株、エコーウイルス９型１株、インフルエンザウイルスＡ香港型（AH3）が２株であった。

　分離されたウイルス毎の分離時期と侵入地、地域間の波及の方向をみるため，流行した代表的なウイルスについて表20に示した。
アデノウイルス
　咽頭炎、扁桃炎、咽頭結膜熱、感染性胃腸炎、熱性疾患等から分離された２型ウイルスは東部では４月上旬〜11月上旬の間に断続的に分離され、中・西部では10月に分離された。
　咽頭結膜熱の主な原因となった３型ウイルスは、東部では５月中旬〜11月上旬まで、中部では５月中旬〜９月中旬まで、西部では１月中旬〜９月下旬まで分離されたが、各地域とも咽頭結膜熱が流行した夏季の６月〜９月の間に最も多く分離された。
コクサッキーウイルスＡ群
　今年流行したヘルパンギーナの原因ウイルスであった４型は、主に５月上旬〜８月上旬にかけて県内全域で分離された。
　また、発疹症の起因ウイルスとなった９型は、４月下旬〜９月下旬の温暖な季節に中部地区で小流行が起こり多数分離されたが、それ以外は７月下旬に東部地区で１検体から分離されたのみである。
エコーウイルス
　30型は、東部では７月中旬〜11月上旬の間に、西部では７月上旬〜８月下旬の間に主に無菌性髄膜炎から分離された。９型は県内全域で４月中旬〜10月中旬の間に多くの疾患から断続的に分離され、16型は県内全域で夏季の６月上旬〜８月中旬の間に主に発疹症から分離された。
ノロウイルス
　ノロウイルスは例年冬季に流行する感染性胃腸炎の原因ウイルスである。
　年初めは、昨年末に流行した本ウイルスによる感染性胃腸炎の流行がほぼ終息しており、従って、東・中部ではほとんど検出されなかったが、流行が継続していた西部では４月上旬まで検出が続いた。
　また、感染性胃腸炎が10月上旬〜12月下旬の期間に県下全域で大規模に流行し、Ｇ�U型が多数検出された。地域別では中部が10月上旬から、東部が10月下旬から、西部が11月上旬から検出され始め、いずれの地域も12月下旬まで検出された。
ロタウイルス
　本ウイルスは感染性胃腸炎の起因ウイルスである。
　年初めはノロウイルスの流行がほぼ終息しており、そのためＡ群ロタウイルスが東・中部は１月中旬、西部は２月上旬と例年と比較して早い時期から検出され、その後、東・西部は４月上旬まで、中部は４月中旬までの長期間検出が続いた。　　
　また、年末はノロウイルスによる大規模な流行が起ったが、この期間にはどの地域からも本ウイルスは検出されなかった。
インフルエンザウイルス
　昨年末から流行したＡ香港型ウイルスは１月上旬に東・西部で分離され始め、その後、１月中旬には中部・隠岐からも分離されて県内全域で大規模な流行となり、３月中旬までの約３か月間この型による流行が続いた。
　表には示していないが、Ａソ連型ウイルスは、Ａ香港型ウイルスが分離された期間中に断続的に分離されたが、分離数が少数であったことから小規模流行であったと推察された。
　Ｂ型ウイルスは、東部は５月中旬から初夏の６月下旬まで、中部は５月下旬に、西部は５月下旬から６月中旬までの間に分離され、流行は例年と比較し遅い初夏までの流行となった。　

　感染症サーベイランスが開始されて以来、当所で分離及び検出された主なウイルスを表21に示す。
アデノウイルス
　１型、２型、３型、５型は増減があるものの毎年分離され、６型は2006(H18)年には分離されていないが、過去にはほぼ継続的に少数分離されている。７型は1982(S57)年以前を含め1993(H5)年まで県内での分離例はなく、1994(H6)年から分離されるようになり以後ほぼ毎年分離されている。４型は1994(H6)年〜2004(H16)年の11年間、分離されていない型であったが、2005(H17)年から分離され始めた。
コクサッキーウイルスＡ群
　25年間、高率に分離される４型、16型と低率に分離される２型、５型、６型、10型及び稀に分離される３型、８型、９型、12型、14型、21型に分類される。
　稀に分離される３型は1990(H2)年に分離されたのを最後に今年まで分離されていない型で、14型は調査した25年間では1991(H3)年と2003(H15)年のみに分離された型である。また、21型は2004(H16)年のみに分離された希少な型である。
コクサッキーウイルスＢ群
　２型から５型がほぼ同数分離されており、それぞれのウイルスの型は１〜２年の多発期と２〜３年の非流行期が認められている。
エコーウイルス
　他のエンテロウイルスに比べ流行周期が長いのが特徴である。本年は無菌性髄膜炎から30型が分離されたが、それ以外の型による大きな流行がなかったため分離株数は少数であった。
エンテロウイルス71型
　本ウイルスは手足口病の起因ウイルスとして３〜４年周期で流行し、また、本ウイルス以外の手足口病の主要ウイルスとなるコクサッキーウイルスＡ16型と流行時期が相前後した時期に流行する。本年は手足口病の流行が小規模であったため分離株数は少数であった。
ポリオウイルス
　年間３〜30株が分離されているが、いずれも感染性胃腸炎、咽頭炎、発しん症等の糞便、咽頭拭い液材料から生ワクチン投与後の一定期間に限られて分離されている。
下痢症起因ウイルス
　最近の下痢症起因ウイルスの分離及び検出状況は、ノロウイルスＧ�U、Ａ群ロタウイルスで大多数を占め、その他に少数分離及び検出されているエンテリックアデノウイルス、Ｃ群ロタウイルス、ノロウイルスＧ�T、サポウイルス、アストロウイルスがある。
　ノロウイルスはＰＣＲ法のプライマーの選択・改良により、2004年から検出数が増加し、Ａ群ロタウイルスは高率に検出されているウイルスではあるが近年減少傾向にある。エンテリックアデノウイルス、Ｃ群ロタウイルス、ノロウイルスＧ�T、サポウイルス、アストロウイルスは近年ほぼ10例前後検出されるが、これらウイルスは学校等の集団生活の場で感染症を引き起こすことがあり監視、調査が必要である。
インフルエンザウイルス
　Ａソ連型は２年〜３年間継続して流行し、その後の２年〜３年間は非流行期となるパターンを繰り返している。Ａ香港型は1990(H2)年からほぼ毎年多く分離されており、この型による流行が近年は主流となっている。Ｂ型はほぼ毎年分離されているが、この型による大きな規模の流行は数年間隔となっている。

　表22に1982(S57)年〜2006(H18)年までに代表的な疾患から分離または検出されたウイルスを示す。これらにはそれぞれの疾患の主要な原因ウイルスと、必ずしも原因ウイルスではなく、その時々に流行しているウイルスが付随的に分離されたものも含まれている。