感染症発生動向調査事業にともなう感染症流行とその病原体の確認調査のために，平成13年１月から12月の間に県下の小児科医院・病院の６定点（東部 ３，中部 １，西部 １，隠岐 １）で採取された15疾患群2702検体の患者材料を取り扱った。これらの患者材料は県下の小児を中心とした感染症の流行状況を反映しているものであり、年間を通じて最も多くみられた咽頭炎を中心に、インフルエンザ、感染性胃腸炎、ヘルパンギーナ、無菌性髄膜炎、咽頭結膜熱などについてウイルスの検索をおこなった。

　分離されたウイルスは表17に示すように35種類（血清型）748株であった。
　以下に代表的な疾患群とウイルスについてあげる。
咽頭炎は最も多数の検体（840検体）を取扱い多種類のアデノウイルス、コクサッキーＡ群、Ｂ群ウイルス、エコーウイルス、単純ヘルペスウイルス、インフルエンザウイルス等の24血清型（種類）の173株が分離された。
　アデノウイルスでは７種類が分離され、全アデノウイルス分離数103株中35株が咽頭炎に由来している。このうち昨年と同様に２型が最も多く，次いで１型が多く分離されている。また、稀にみられる37型が昨年に続いて１株含まれている。
　コクサッキーＡ群は６種類192株中Ａ８型、Ａ６型を中心に５種類61株が咽頭炎に由来していた。
　コクサッキーＢ群ではＢ３型、Ｂ４型が分離され、35株中16株が咽頭炎に由来していた。
　エコーウイルスでは６種類74株の中エコー11型（15株）を中心に26株が咽頭炎から分離されている。
　インフルエンザウイルスはＡソ連型（H1N1）、Ａ香港型（H3N2）、Ｂ型が流行したが、咽頭炎からは１５．６％に相当する27株（H1N1：10株、H3N2：１株、B型16株）が分離されている。
　インフルエンザ（疑いを含む）は609検体中16種類206株が分離され、その中でインフルエンザウイルスＡソ連型（H1N1）92株、Ｂ型48株、Ａ香港型（H3N2）22株が分離された。その他にアデノウイルス（1型、2型、3型）の10株がインフルエンザの流行初期，後期から分離された。
　咽頭結膜熱は90検体から10株が分離されたのにすぎなかった。そのうち主なウイルスはアデノウイルス５型とエコー11型であった。
耳下腺炎からは33検体から11株のムンプスウイルスが分離された。
　手足口病は56検体から27株が分離され、流行の前半（６〜８月）はコクサッキーＡ６型、Ａ10型が分離され、８月以降はコクサッキーＡ16型が12月まで分離されている。
　ヘルパンギーナは咽頭炎、感染性胃腸炎に次いで多種類（14種類）のウイルスが分離された。取り扱った検体は比較的流行が大きかったことから196検体の材料を取り扱い、そのうち113株が分離され、コクサッキーＡ８型 34株、Ａ４型28株、Ａ６型14株及びコクサッキーＢ３型、Ｂ4型が９株分離された他。麻疹ウイルスが２株分離された。
無菌性髄膜炎は大きな流行ではなかったが、コクサッキーＢ４型、エコー11型、18型およびムンプスウイルスが分離された。
感染性胃腸炎からは370検体より多種類のウイルスが123株分離され、そのうち小型球形ウイルス（ＳＲＳＶ）34例、Ａ群ロタウイルス38例、エンテリックアデの10例の他にエコー11型、アデノウイルス１型、２型等が検出された。

　年間を通してみると例年のように冬期はインフルエンザウイルス，４月〜10月にコクサッキーＡ群、７月〜11月にコクサッキーＢ群およびエコーウイルスが検出されたが，今年も近年の特徴の一つとなっているコクサッキーＢ群，エコーウイルス等のエンテロウイルスが秋から冬にかけても咽頭炎，手足口病、ヘルパンギーナ、感染性胃腸炎、発疹症等多彩な疾患の原因として分離されている。
　以下に代表的なウイルスについて月別にあげる。
　アデノウイルスは１型、２型、３型、５型ウイルスが若干の増減はあるが、年間を通して分離される傾向にあった。
　コクサッキーＡ群は６種類が分離されている。まずヘルパンギーナ，咽頭炎，手足口病に関連するＡ６型が３月〜10月，Ａ４型が５月〜10月の間に時期をずらしながら分離された。また、Ａ６型が手足口病の病原として８月〜12月まで分離されている。
　コクサッキーＢ群ではＢ３型が７月〜９月の間に流行がみられ、Ｂ４型は７月〜初冬の11月まで分離されている。
　エコーウイルスは年前半の１月〜５月に18型、そして7月以降は11型、16型が時期をずらしながら12月まで分離された。
　インフルエンザウイルスは１月初めから4月までＡソ連型，Ｂ型がやや遅れた1月下旬より５月下旬までの長期間流行した。そしてその間にＡ香港型が散発的に分離された。
　下痢症関連ウイルスではエンテリックアデノウイルスの検出時期に季節性はみられなかったが、ＳＲＳＶは感染性胃腸炎の流行の前期の１月〜3月と次の流行初期（12月）に検出された。一方、ロタウイルスは１月〜５月までの下痢症流行後期に検出された。

　検査材料の適切な採取が感染症の病原体診断のために重要な要素である。一般に呼吸器系感染症は咽頭拭い液を主体に糞便を補助的に加え、胃腸炎症状は糞便、髄膜炎症状では脊髄液、咽頭拭い液、糞便、そして水疱を伴う発疹症は水疱液、咽頭拭い液、糞便、眼疾患では結膜拭い液、咽頭拭い液等の材料の採取と、それらからのウイルス分離が行われている。
以下に材料別のウイルス分離頻度を示す（表19）。
　咽頭拭い液あるいはうがい液はかならずしも分離率は高くないが、最も多種類のウイルスが分離され、胃腸炎症状以外の疾患のウイルス検索には、まず一義的に採取検討される材料であり、さらに症状に合わせて脊髄液、水疱内溶液、結膜拭い液等の採取によって分離率を高めることが適当と考えられる。
　また、今回眼症状を伴うアデノウイルス感染症の主要疾患である咽頭結膜熱、流行性角結膜炎等の眼脂、結膜拭い液からの分離率はかならずしも高くない。これはウイルス増殖の過程でインフルエンザ、エンテロウイルス感染症のように、ウイルスが感染細胞外へ放出されにくく細胞内にとどまることから、材料採取に当たっては感染細胞が採取できる程度に強く拭うことも必要かと思われる。

　分離されたウイルス毎の分離時期と侵入地、地域間の波及の方向をみるため，大きく流行した代表的なウイルスについて表20に示した。
　これによると流行時期は県の東西によって異なり，これまでと同様他県あるいは隣接地域からの侵入経路と波及方向を反映している。
　コクサッキーＡ群のうちＡ２型は東部地区で５月中旬から始まり、西部では６月中旬、中部では８月上旬より散発あるいは流行がみられた。
　Ａ４型は５月下旬に東部から始まり、中部、西部へと西進した。
　Ａ６型も東部で３月中旬から始まり、中部、西部に波及した。
　Ａ８型は６月上旬より東部、西部、中部の順に大きく流行がみられた。
　Ｂ３型は東部でのみ咽頭炎、ヘルパンギーナの原因として７月中旬から９月下旬まで分離された。
　コクサッキーＢ４型は６月上旬に西部、次いで中部で分離されるようになり、東部では２か月後の８月下旬より11月まで分離された。
　咽頭炎、感染性胃腸炎、無菌性髄膜炎、ヘルパンギーナ等の多彩な疾患の原因となったエコーウイルスは７月中旬に中・西部より始まり、８月下旬に東部へ波及し、12月までの長期間分離された。
インフルエンザウイルスではＡソ連型が１月上旬に西部地区から始まり、１か月後に東部、そして中部、隠岐でも流行し、４月上旬まで分離された。
Ａ香港型は２月上旬に東部で始まり、２月下旬には中部、そして３月上旬には西部に波及し、主に４月上旬まで散発的な流行となったが、西部では５月上旬から下旬の間に、今シーズンの４月までに流行しなかった地区を中心に再び分離されるようになった。
　Ｂ型は１月下旬に中部、２月中旬に東部、２月下旬に西部でそれぞれ始まり、各地区とも５月下旬までの長期間分離された。

　感染症サーベイランスが開始されて以来、当所で分離された主なウイルスを表21に示す。
　アデノウイルスでは１，２，３，５型は増減があるものの、この間、毎年分離されている。
　アデノウイルス４型は1982年〜1988年及び1991年〜1993年の間のみ分離され、流行の周期性があるかもしれない。
　アデノウイルス６型の頻度は高くないものの、断続的に咽頭炎から分離されている。アデノウイルス７型は1993年（1982年以前を含め）まで県内での分離例はなかったが、1994年より分離されるようになった。これは全国的な傾向として認められている。
　アデノウイルス８、11型はこの間の分離状況からみて比較的短い間隔の周期性があるかもしれない。
コクサッキーＡ群ウイルスは11種類（血清型）が分離され、一定間隔で高頻度に分離されるＡ２，４，５，６，10および16型と、稀に分離されるＡ３，８，12、14型に分類される。また、12型、14型による手足口病、ヘルパンギーナの発生は国内でははじめての分離例となっている。
　コクサッキーＢ群ウイルスでは１型〜５型が分離されており、それぞれのウイルスは１，２年の多発期と１〜３年の非流行期がみられている。
　エコーウイルスは14種類が分離されているが、他のエンテロウイルスに比べ流行間隔が長いのが特徴のようである。
　エンテロ71型ウイルスは手足口病の原因として２〜３年周期で流行、分離されている。同様に手足口病の主要ウイルスとなるコクサッキーＡ16型ウイルスの流行時期と相前後した時期に流行している。
　ポリオウイルスは年間３〜30株が分離されているが、いずれも感染性胃腸炎、咽頭炎、発疹症等の糞便、咽頭拭い液材料から生ワクチン投与後の一定期間に限られて分離されている。
　エンテリックアデノ、Ａ群ロタ、Ｃ群ロタ、ＳＲＳＶ、アストロウイルスは下痢症起因ウイルスとして検出されたものであり、Ａ群ロタは1984年より検査を開始したが、検査開始当初の検出率は50％以上であった。しかし、最近は検出率、検出数ともに低率となっている。これには流行周期の存在も考慮する必要があるかもしれないが、医療機関で迅速診断キット使用が普及し、ロタウイルスが除外された検体が多くなっていることも一因かもしれない。
　また、ＳＲＳＶ、アストロウイルスはそれぞれ1995年あるいは1997年より一部の材料について実施した結果であり、必ずしも流行を反映しているものではないかもしれない。しかし、ロタウイルスとＳＲＳＶの流行は短い期間の間でも相前後して流行がみられている。
　風疹ウイルスは1988年以降空白となっている。これは風疹ウイルスに感受性の高い培養細胞の入手が困難となったことにより、分離培養ができなくなったことによる。
　表22に1982年〜2001年までに代表的な疾患から分離（検出）されたウイルスを示す。これらにはそれぞれの疾患の主要な原因ウイルスとなるウイルスと、必ずしも原因ウイルスではなくても、その時々に流行していたウイルスが付随的に分離されたものも含まれている。