警報・注意報のねらいは、感染症発生動向調査における定点把握感染症のうち、公衆衛生上その流行現象の早期把握が必要な疾病について、流行の原因究明や拡大阻止対策などを講ずるための資料として、都道府県衛生主管部局や保健所など第一線の衛生行政機関の専門家に向け、データに何らかの流行現象がみられることを、一定の科学的根拠に基づいて迅速に注意喚起することにあります。

　警報レベルは大きな流行が発生または継続しつつあると疑われることを指します。注意報レベルは、流行の発生前であれば今後4週間以内に大きな流行が発生する可能性が高いこと、流行の発生後であれば流行が継続していると疑われることを指します。ほとんどの感染症では、時間の経過とともに流行が地域的に拡大あるいは移動していくことから、流行拡大を早期に探知するためには、小区域での流行状況を広域的に監視することが重要と考えられます。

　警報レベルは１週間の定点当たり報告数がある基準値（開始基準値）以上で開始し、別の基準値（終息基準値）未満で終息します。注意報レベルは１週間の定点当たり報告数がある基準値以上の場合です。警報・注意報レベルの基準値は、これまでの感染症発生動向調査データから、下記の通り定められています。

警報・注意報レベルの基準値

疾病	警報レベル		注意報レベル
	開始基準値	終息基準値	基準値
インフルエンザ	30	10	10
咽頭結膜熱	3	1	-
Ａ群溶連菌咽頭炎	8	4	-
感染性胃腸炎	20	12	-
水痘	2	1	1
手足口病	5	2	-
伝染性紅斑	2	1	-
ヘルパンギーナ	6	2	-
流行性耳下腺炎	6	2	3
急性出血性結膜炎	1	0.1	-
流行性角結膜炎	8	4	-