2001(平成13)年4月より県内の6総合病院から報告を受け、病院細菌検査室で検出された検査材料別の病原菌の集計を行っている。
過去10年間の検出数の推移をみると、血液、尿は増加傾向にあり、その他の検体は横ばいである(下図)。
　⇒2017(H29年度 島根県病原体検出状況 月別（医療機関からの報告分）

検出された病原菌の構成をみると、糞便、血液、尿からはE.coliの検出率が最も高かった。
穿刺液、喀痰・気管吸引液および下気道材料、血液からは、Staphylococcus aureus(MRSA)を含むStaphylococcus属の検出率が高かった。
咽頭および鼻咽喉からはHaemophilus influenzaの検出率が最も高く、次いでStreptococcus属であった。
また、陰部尿道頸管擦過（分泌）物からはStreptococcus属およびCandida albicansの検出が同程度であった。
調査対象医療機関名
松江赤十字病院・島根県立中央病院・雲南市立病院・浜田医療センター・益田赤十字病院・隠岐広域連合立隠岐病院