2001(平成13)年４月より県内の６総合病院で検出された病原菌を検査材料別に報告してもらい、集計を行っている。
　糞便材料の検出数は一年を通じて横ばい状態であるが、検出総数が2005年は大幅に減少した。（520件→640件→453件）咽頭および鼻咽喉材料の検出数も減少した。（図16）
　糞便検出病原菌の構成をみると、EPECやETECなどの大腸菌が全体の5６%をしめた。Salmonella属は減少傾向にあり（15件→16件→1１件）、島根県においてSalmonella属による集団食中毒もみられなかった。（図17）
　血液、喀痰・気管吸引液および下気道材料からはStaphylococcus aureus（MRSA）を含むStaphylococcus属の分離率が高かった。（血液70.4%、喀痰・気管吸引液および下気道49.0%）

調査対象医療機関名
　松江赤十字病院、島根県立中央病院、公立雲南総合病院、浜田医療センター、益田赤十字病院、隠岐広域連合立隠岐病院

菌種･群･型	2006年
	1月	2月	3月	4月	5月	6月	7月	8月	9月	10月	11月	12月	合計
E.coli(EHEC/VTEC)	3					1		1		2			7
E.coli(ETEC)	1	2	3	4	1	1	2	4	5	5			28
E.coli(EIEC)								1					1
E.coli(EPEC)	14	18	17	10	13	7	6	21	7	7	16	10	146
E.coli(その他･不明)	1	2	2	2	5	7	3	6	5	16	13	9	71
Salmonella Typhi
Salmonella Paratyphi A
Salmonella　O4												1	1
Salmonella　O7	1							2	1			1	5
Salmonella　O8								1					1
Salmonella　O9		1		1		1	1		2	2			8
Salmonella　O9,46
Salmonella　O3,10
Salmonella　O1,3,19
Salmonella　O13
Salmonella　O18
Salmonella　上記以外の群						1							1
Salmonella　群不明							1						1
Listeria monocytogenes
Yersinia entercolitica
Yersinia pseudotuberclosis
V.choleraeO1:Eltor, Ogawa,CT(+)
V.choleraeO1:Eltor, Ogawa,CT(-)
V.choleraeO1:Eltor, Inaba,CT(+)
V.choleraeO1:Eltor, Inaba,CT(-)
V.choleraeO139,CT(+)
V.choleraeO139,CT(-)
V.choleraeO1&O139以外
Vibrio parahaemolyticus						1		2					3
Vibrio fluvialis
Vibrio mimicus
Aeromonas hydrophila					1			2					3
Aeromonas sobria			1										1
Aeromonas hydrophila/sobria種別せず						1							1
Plesiomonas shigelloides
Campylobacter jejuni									1				1
Campylobacter coli
Campylobacter jejuni/coli種別せず	2		4		2	1	1	6	3	1		1	21
Sta.aureus(MRSA)	8	17	7	6	10	9	8	8	12	4	6	5	100
Sta.aureus(MRSA以外)	3	6	3	3	10	10	3	2	5	5	3		53
Clostridium perfringens
Clostridium botulinum E
Clostridium botulinum E以外
Bacillus cereus
Shigella dysenteriae 型( )
Shigella flexneri 型( )
Shigella boydii 型( )
Shigella sonni
Shigella 群不明
Entamoeba histolytica
Cryptosporidium
Giardia lamblia
合計	33	46	37	26	42	40	25	56	41	42	38	27	453

菌種･群･型	2006年
	1月	2月	3月	4月	5月	6月	7月	8月	9月	10月	11月	12月	合計
E.coli	2	2	2	1	3	3	1	2	5	1	2	3	27
Klebsiella pneumoniae	1	1	3			1			2	1	2	3	14
Haemophilus influenzae				1				2					3
Neisseria meningitidis
Pseudomonas areuginosa	2		1		2	1	1		3	1	1	7	19
Mycobacterium spp.
Sta.aureus(MRSA)	2	4	1	1	1	5	2	2	4	3			25
Sta.aureus(MRSA以外)	1	4	2	1	1		4	3	5	3	3	2	29
Sta.(コアグラーゼ陰性）		3	2	2	1	2	2		1	2	3		18
PRSP/PISP						1							1
Streptococcus pneumoniae(PRSP/PISP以外)	1		1				2						4
Anaerobes	5	1	2	3	2	2	1	3	5	1	5	5	35
Mycoplasma pneumoniae
合計	14	15	14	9	10	15	13	12	25	12	16	20	175

菌種･群･型	2006年
	1月	2月	3月	4月	5月	6月	7月	8月	9月	10月	11月	12月	合計
E.coli
Haemophilus influenzae			2										2
Neisseria meningitidis
Listeria monocytogenes
Sta.aureus(MRSA)		1	1	1	1	1							5
Sta.aureus(MRSA以外)
Streptococcus B				1									1
PRSP/PISP			1										1
Streptococcus pneumoniae(PRSP/PISP以外)		1				1							2
合計		2	4	2	1	2							11

菌種･群･型	2006年
	1月	2月	3月	4月	5月	6月	7月	8月	9月	10月	11月	12月	合計
E.coli	7	1	7	7	11	9	4	6	5	11	7	3	78
Salmonella Typhi
Salmonella Paratyphi A
Salmonella spp.		1											1
Haemophilus influenzae			2					1					3
Neisseria meningitidis
Listeria monocytogenes
Pseudomonas areuginosa	1		3		2	5		1		1	1	1	15
Sta.aureus(MRSA)	8	7	9	2	8	4	4	8	9	13	3	6	81
Sta.aureus(MRSA以外)	2	3	2	2	3	10	3	3	6	2	4	4	44
Sta.(コアグラーゼ陰性）	11	17	10	7	4	7	7	18	28	14	19	28	170
Streptococcus B	2		1	1	1								5
PRSP/PISP			2	1						1	1		5
Streptococcus pneumoniae(PRSP/PISP以外)		1	1	3		1	2	1					9
Anaerobes	1			2				2		2	1		8
Plasmodium spp.
合計	32	30	37	25	29	36	20	40	48	44	36	42	419

菌種･群･型	2006年
	1月	2月	3月	4月	5月	6月	7月	8月	9月	10月	11月	12月	合計
Bordetella pertussis
Haemophilus influenzae	84	83	108	124	123	80	47	69	55	48	24	61	906
Neisseria meningitidis
Streptococcus A	27	14	20	26	25	29	16	12	15	11	17	27	239
PRSP/PISP	9	9	7	22	20	26	10	3	3	4	5	20	138
Streptococcus pneumoniae(PRSP/PISP以外)	10	12	23	17	25	13	5	7	5	3	6	21	147
Corynebacterium diphtheriae
合計	130	118	158	189	193	148	78	91	78	66	52	129	1430

菌種･群･型	2006年
	1月	2月	3月	4月	5月	6月	7月	8月	9月	10月	11月	12月	合計
Mycobacterium tuberculosis		2	4	2	2	1	2	5	1		1	2	22
Mycobacterium avium-intracellulare complex		3		2		3	1	1		2	3	2	17
Klebsiella pneumoniae	28	32	24	21	35	36	24	33	32	34	38	30	367
Haemophilus influenzae	29	31	25	30	29	44	15	25	11	11	11	15	276
Legionella pneumophila
Pseudomonas areuginosa	41	43	29	35	39	36	38	40	60	56	37	34	488
Sta.aureus(MRSA)	126	123	92	100	122	103	75	78	85	91	80	80	1155
Sta.aureus(MRSA以外)	37	40	29	28	40	39	18	42	18	25	36	40	392
Streptococcus A		1	2			1		7					11
Streptococcus B	22	26	5	13	12	12	5	8	16	14	15	12	160
PRSP/PISP	14	11	8	6	16	8	4	6	4	4	3	9	93
Streptococcus pneumoniae(PRSP/PISP以外)	17	14	13	15	20	19	11	12	5	11	13	24	174
Anaerobes				1									1
Mycoplasma pneumoniae
合計	314	326	231	253	315	302	193	257	232	248	237	248	3156

菌種･群･型	2006年
	1月	2月	3月	4月	5月	6月	7月	8月	9月	10月	11月	12月	合計
E.coli	77	76	57	69	72	70	62	71	56	77	49	69	805
Enterobacter spp.	6	4	4	3	4	6	4	9	5	9	2	5	61
Klebsiella pneumoniae	13	14	9	9	10	9	11	12	13	17	12	15	144
Acinetobacter spp.	1	1		3	1	2		2	1	2	2	2	17
Pseudomonas areuginosa	25	30	23	19	28	29	30	41	43	41	38	30	377
Sta.aureus(MRSA)	16	14	16	10	7	12	7	19	10	11	15	12	149
Sta.aureus(MRSA以外)	6	8		8	5	6	7	3	1	7	2	2	55
Sta.(コアグラーゼ陰性）	16	18	14	12	15	14	14	19	9	20	17	15	183
Enterococcus spp.	45	43	33	45	44	35	39	34	31	52	25	42	468
Candida albicans	10	9	4	7	5	3	4	13	11	6	5	6	83
合計	215	217	160	185	191	186	178	223	180	242	167	198	2342

菌種･群･型	2006年
	1月	2月	3月	4月	5月	6月	7月	8月	9月	10月	11月	12月	合計
Neisseria gonorrhoeae	1		1	3	1		1	4			2	1	14
Streptococcus B	26	25	21	26	23	29	17	12	20	25	14	15	253
Chlamydia trachomatis	5	7	4	7	4	2	4	3	3	1		2	42
Ureaplasma								1					1
Candida albicans	31	24	22	17	17	27	45	33	41	34	29	26	346
Trichomonas vaginalis			1	1									2
合計	63	56	49	54	45	58	67	53	64	60	45	44	658