一方、同法で一類（エボラ出血熱など）、二類感染症（ジフテリアなど）及び新型インフルエンザ等に分類される感染症は、感染力や重症度を勘案して、入院の措置等が取られることとなります。なお、入院も行政からの一方的な措置でなく、感染症診査協議会（医師、弁護士、人権擁護委員などで構成されています。）で入院の必要性等について審査していただくこととなっています（下記のフロー図を参考にしてください。）。