1982(昭和57)年から開始された感染症サーベイランス事業は、1999(平成11)年4月1日からは「感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律」（平成10年法律第114号。以下、「感染症法」という。）の施行に伴い、感染症発生動向調査として法律に基づき行われている。2000(平成12)年4月1日からは、島根県保健環境科学研究所に島根県感染症情報センターを設置して運営している。
　全数把握対象疾患は、診断した医師、または、感染症に罹患した動物を診断した獣医師が、保健所に届け出を行い発生状況を把握している。
　2015(平成27)年は全数把握対象疾患に変更があり、2014(平成27)年1月21日付けでそれまで指定感染症に位置づけられていた鳥インフルエンザ(H7N9)及び中東呼吸器症候群(MERS)が二類感染症に類型変更された。
　五類の定点把握感染症は、指定された届出医療機関（患者定点）を受診した患者数を把握することで流行状況を調査している。
　患者定点は、外来患者の状況を把握する、小児科定点23、インフルエンザ定点38、眼科定点3及び性感染症（ＳＴＤ）を対象とするSTD定点6、入院患者を含めた状況を把握する基幹病院定点8が設定されている。
　また、疑似症として「摂氏38度以上の発熱及び呼吸器症状（明らかな外傷又は器質的疾患に起因するものを除く。）」のある者と「発熱及び発しん又は水疱（ただし、当該疑似症が二類感染症、三類感染症、四類感染症又は五類感染症の患者の症状であることが明らかな場合を除く。） 」のある者を対象とし、48定点を設定している。
　島根県感染症情報センターでは、定点及び各医療機関から報告される患者情報と病原体の検出情報を分析し、週報（月単位の場合は月報）として、ホームページ（ http://www1.pref.shimane.lg.jp/contents/kansen/ ）上に随時公開し、広く県民に対して情報還元を図っている。また、県内の医療機関・市町村・教育委員会等の関係機関に対してＦＡＸやＥメールにより提供し、更に、主要な疾患は、週報の地区毎の流行状況を、山陰中央新報に毎週掲載している。

(1)エボラ出血熱、(2)クリミア・コンゴ出血熱、(3)痘そう、(4)南米出血熱、(5)ペスト、(6)マールブルグ病、(7)ラッサ熱

(1)急性灰白髄炎、(2)結核、(3)ジフテリア、(4)重症急性呼吸器症候群（病原体がコロナウイルス属ＳＡＲＳコロナウイルスであるものに限る）、(5)中東呼吸器症候群（病原体がベータコロナウイルス属MERSコロナウイルスであるものに限る） *1、(6)鳥インフルエンザ（H5N1）、(7)鳥インフルエンザ(H7N9) *2

(1)コレラ、(2)細菌性赤痢、(3)腸管出血性大腸菌感染症、(4)腸チフス、(5)パラチフス

(1)Ｅ型肝炎、(2)ウエストナイル熱（ウエストナイル脳炎を含む）、(3)Ａ型肝炎、(4)エキノコックス症、(5)黄熱、(6)オウム病、(7)オムスク出血熱、(8)回帰熱、(9)キャサヌル森林病、(10)Ｑ熱、(11)狂犬病、(12)コクシジオイデス症、 (13)サル痘、(14)重症熱性血小板減少症候群(病原体がフラボウイルス属SFTSウイルスであるものに限る)、(15)腎症候性出血熱、(16)西部ウマ脳炎、(17)ダニ媒介脳炎、(18)炭疽、(19)チクングニア熱、(20)つつが虫病、(21)デング熱、(22)東部ウマ脳炎、(23)鳥インフルエンザ（H5N1、H7N9を除く）、(24)ニパウイルス感染症、(25)日本紅斑熱、(26)日本脳炎、(27)ハンタウイルス肺症候群、(28)Ｂウイルス病、（29）鼻疽、(30)ブルセラ症、(31)ベネズエラウマ脳炎、(32)ヘンドラウイルス感染症、(33)発しんチフス、(34)ボツリヌス症、(35)マラリア、(36)野兎病、(37)ライム病、(38)リッサウイルス感染症、(39)リフトバレー熱、(40)類鼻疽、(41)レジオネラ症、(42)レプトスピラ症、(43)ロッキー山紅斑熱

(1)アメーバ赤痢、(2)ウイルス性肝炎（Ｅ型肝炎及びＡ型肝炎を除く）、(3)カルバペネム耐性腸内細菌科細菌感染症、(4)急性脳炎（ウエストナイル脳炎、西部ウマ脳炎、ダニ媒介脳炎、東部ウマ脳炎、日本脳炎、ベネズエラウマ脳炎及びリフトバレー熱を除く）、(5)クリプトスポリジウム症、(6)クロイツフェルト・ヤコブ病、(7)劇症型溶血性レンサ球菌感染症、(8)後天性免疫不全症候群、(9)ジアルジア症、(10)侵襲性インフルエンザ菌感染症、(11)侵襲性髄膜炎菌感染症、(12)侵襲性肺炎球菌感染症、(13)水痘(入院例に限る。)、(14)先天性風しん症候群、(15)梅毒、(16)播種性クリプトコックス症、(17)破傷風、(18)バンコマイシン耐性黄色ブドウ球菌感染症、(19)バンコマイシン耐性腸球菌感染症、(20)風しん、(21)麻しん、(22)薬剤耐性アシネトバクター感染症

(1)新型インフルエンザ、(2)再興インフルエンザ

*1 中東呼吸器症候群(MERS) ： 2014年7月26日〜2015年1月20日までの間は指定感染症、2015年1月21日からは二類感染症に類型変更
*2 鳥インフルエンザ(H7N9) ： 2013年5月6日〜2015年1月20までの間は指定感染症、2015年1月21日からは二類感染症に類型変更

(1)インフルエンザ（鳥インフルエンザ及び新型インフルエンザ等感染症を除く）

(2)ＲＳウイルス感染症、(3)咽頭結膜熱、(4)Ａ群溶血性レンサ球菌咽頭炎、(5)感染性胃腸炎、(6)水痘、(7)手足口病、(8)伝染性紅斑、(9)突発性発しん、(10)百日咳、(11)ヘルパンギーナ、(12)流行性耳下腺炎

(13)急性出血性結膜炎、(14)流行性角結膜炎

(15)性器クラミジア感染症、(16)性器ヘルペスウイルス感染症、(17)尖圭コンジローマ、(18)淋菌感染症

(19)細菌性髄膜炎、(20)無菌性髄膜炎、(21)マイコプラズマ肺炎、(22)クラミジア肺炎（オウム病を除く）、(23)感染性胃腸炎(病原体がロタであるものに限る)

(24)ペニシリン耐性肺炎球菌感染症、(25)メチシリン耐性黄色ブドウ球菌感染症、(26) 薬剤耐性緑膿菌感染症

(1) 摂氏３８度以上の発熱及び呼吸器症状 （明らかな外傷又は器質的疾患に起因するものを除く） (2) 発熱及び発しん又は水疱 （ただし、当該疑似症が二類感染症、三類感染症、四類感染症又は五類感染症の患者の症状であることが明らかな場合を除く）

(1)エボラ出血熱（サル）、(2)マールブルグ病（サル）、(3)ペスト（プレーリードッグ）、(4)重症急性呼吸器症候群（病原体がコロナウイルス属ＳＡＲＳコロナウイルスであるものに限る）（イタチアナグマ、タヌキ及びハクビシン）、(5)細菌性赤痢（サル）、(6)ウエストナイル熱（鳥類に属する動物）、(7)エキノコックス症（犬）、(8)結核（サル）、(9)鳥インフルエンザ（H５N１又はH7N9）(鳥類に属する動物)、(10)中東呼吸器症候群(ヒトコブラクダ)*1、(11)新型インフルエンザ等感染症（鳥類に属する動物）