昭和40年（1965年）に締結された旧日韓漁業協定では、沿岸から12海里までの水域は沿岸国が漁業に関して管轄権を持つこと、その外側では原則自由に操業できること、漁船の旗国（所属国）がその漁船を取り締まることできる（旗国主義）ことなどが規定されていました。

このルールの下で日韓双方の漁業がおこなわれてきましたが、次第に日本周辺で無秩序に操業する韓国漁船が増えたことにより日本の漁業者の不満が高まっていきました。

こうした中で、自国の沿岸から200海里までの排他的経済水域の設定を認める国連海洋法条約が平成６年（1994年）に発効し、日韓両国ともに平成８年（1996年）に同条約を締結しました。

これにより日韓両国が自国沿岸で排他的経済水域を設定するとともに、当水域内で適切に水産資源を管理する義務を果たすため、新たな漁業協定が必要となりました。

そのため、平成８年から両国間で新協定に向けての交渉が始まりましたが、操業ルールや排他的経済水域の境界についての双方の主張に大きな隔たりがあり、交渉は難航しました。

最終的には、双方の主張の間をとるような形で合意に至り、平成11年（1999年）に新しい日韓漁業協定が発効しました。

（新日韓漁業協定の概要）