感染症発生動向調査事業に伴う感染症流行とその病原体の確認調査を行うため、2016（平成28）年1月から12月の間に県内の病原体検査定点が採取した1382検体の患者材料について検査を実施した。 これらの患者材料は、県下の小児を中心とした感染症の原因となるウイルスの流行状況を反映しているものであり、インフルエンザをはじめ、感染性胃腸炎、肺・気管支炎、手足口病、熱性疾患、無菌性髄膜炎等の疾患についてウイルスの検索を行った。

　検出されたウイルスは、表18に示すように45種類 747株であった。
　以下、感染症発生動向調査の把握疾患のウイルス検出状況について述べる。

　150検体中137検体から4種の型のインフルエザウイルスが検出された。
　インフルエンザウイルスは、AH1型（2009pdm）42株、AH3型（香港）34株、B型（山形系統）32株、B型（ビクトリア系統）28株であった。

　156検体中137検体から、21種のウイルスが検出された。
　アデノウイルス1型11株、2型16株、3型49株、4型1株、5型5株、6型4株の他、エコーウイルス3型1株、18型1株、25型3株、コクサッキーウイルスA2型2株、A4型3株、A6型2株、B5型5株、パレコウイルス3型2株、ヒトメタニューモウイルス2株、パラインフルエンザウイルス1型1株、3型12株、ライノウイルスが12株、単純ヘルペスウイルス1株であった。

　216検体中143検体からウイルスが検出された。
　A群ロタウイルス24株、ノロウイルスＧ�T型5株、ノロウイルスＧ�U型 61株、サポウイルス11株、アストロウイルス 5株、エンテリックアデノウイルス（アデノウイルス40/41型）1株であった。
　その他、パレコウイルス1型、2型、4型、エコーウイルス6型、18型、25型、アデノウイルス2型、3型、6型など多種類のウイルスが検出された。

　32検体中21検体からウイルスが検出された。
　コクサッキーウイルスA6型13株、エコーウイルス25型1株検出され、全体の3分の2を占めた。コクサッキーウイルスA6型は、１0月に多数検出された。

　21検体中17検体からウイルスが検出された。
　コクサッキーウイルスA4型13株、A6型1株、B5型2株、ライノウイルス1株であった。

　36検体中11検体からウイルスが検出された。
　コクサッキーウイルスB3型3株、B5型1株、エコーウイルス4型4株、6型2株、25型1株であった。
　無菌性髄膜炎は、2007（平成19）年のエコーウイルス30型による流行があって以降、大きな流行は無い。

　235検体中100検体からウイルスが検出された。
　RSウイルス16株、ヒトメタニューモウイルス15株、パラインフルエンザ1型1株、3型14株、ライノウイルス19株、ヒトボカウイルス1株、アデノウイルス1型3株、2型6株、3型7株、エコーウイルス6型2株、コクサッキーウイルスA2型1株、A4型1株、B2型2株、B3型4株、B5型2株、パレコウイルス3型2株、4型2株であった。

　アデノウイルス、コクサッキーウイルス、エコーウイルス、ライノウイルス、ノロウイルスG�U型は検出数の増減はあるが、年間を通して検出された。
　インフルエンザウイルスは冬期から春期、RSウイルスは夏期から冬期に検出された。
　以下、代表的なウイルスについて月別の検出状況を述べる。

　1型、2型および3型は、ほぼ通年検出された。4型、5型、6型および37型が散発的に検出された。

　2型および6型が8月から11, 12月、4型が4月から9月、A10型は4，5月に検出された。

　5型が5月から8月に検出されたのに対し、B2型とB3型は散発的に検出された。
　2014（平成26）年に多数検出された１型は、検出されなかった。

　2014（平成26）年に散発的に検出された3型は、10月から12月に各1株ずつ検出された。
　2013/2014年検出されなかった18型は、2015（平成27）年の検出に続いて、2株（10，11月）検出された。
　2013（平成25）年に大流行した6型は、10月から12月に検出された。 2016（平成28）年は、11月に25型が7株検出された。 2007（平成19）年に無菌性髄膜炎から多数検出された30型は、2014/2015/2016年と検出されていない。

　3型が5月をピークに4月から8月に多数検出された。
　1型、2型、4型及び6型は散発的な検出であった。

　2014（平成26）年8月から2015（平成27）年１月に米国で1,153人の呼吸器疾患患者から検出されており、乳幼児や子供が発症しやすく、流行期には急性弛緩性麻痺例が確認され、麻痺とウイルス感染との関連が疑われ、日本での流行が危惧されていた。
　全国では、2010（平成22）年129例、2013（平成25）年122例と9月をピークに検出され、2015（平成27）年には258例が検出されたが、2016（平成28）年は検出されていない。
　島根県では、2015（平成27）年に10例検出されたが、2016（平成28）年は検出されていない。

　2015/2016年シーズンは、2015年10月にAH3型（香港)が検出された後、2016年1月をピークに4月末までシーズンの主流ウイルスとして県内各地で検出された。AH1型（2009pdm）は、2016年1月から4月にかけて散発的な検出にとどまった。B型（山形系統、ビクトリア系統）は、2016年4月から5月にかけて散発的な検出にとどまった。

　パラインフルエンザウイルス1型は、散発的に、3型は6月から9月に検出された。
　RSウイルスは、1月と4月に散発的に検出され、8月から11月まで継続して検出された。
　ライノウイルスは、年間を通して検出され、ヒトメタニューモウイルスは、6月をピークに１月から10月までほぼ通年検出された。

　ウイルス性感染性胃腸炎は、主に冬季から春季にかけて流行する。その主な原因ウイルスとなっているのがノロウイルスG�U型とA群ロタウイルスである。
　ノロウイルスG�U型はほぼ通年検出されたが、10月から3月にかけて検出数が多かった。
　A群ロタウイルスは、1月から5月にかけて検出された。
　アストロウイルスは、2月、5月から7月にかけて散発的に検出された。
　その他、エンテリックアデノウイルス（アデノウイルス40/41型）、ノロウイルスG�T型が、散発的に検出された。

　適切な検査材料と採取時期が感染症の病原体診断のための重要な要素である。 現在、定点医療機関において、呼吸器系感染症は咽頭拭い液及び鼻汁・鼻腔拭い液、胃腸炎症状は糞便、髄膜炎症状では脊髄液・咽頭拭い液・糞便、そして水疱を伴う発疹症は水疱液・咽頭拭い液・糞便、眼疾患は結膜拭い液・咽頭拭い液等の検査材料を採取してもらい、ウイルス検出を行っている。　
　また、麻しん、風しんを疑う症例の場合には、咽頭ぬぐい液、血液、尿を採取してもらっている。
　以下、材料別のウイルス検出状況を示す。

　669検体中、333検体（49.8%）からウイルスが検出された。
　このうち、エンテロウイルス（コクサッキーウイルスA群、B群、エコーウイルス）が84株検出され、多かったウイルスは、コクサッキーウイルスA4型が23株、A6型が20株であった。
　インフルエンザウイルスは、29株検出され、内訳は、AH3型（香港）が16株、AH1型（2009pdm）が5株、B型（山形系統）が2株、B型（ビクトリア系統）が5株であった。 アデノウイルスは、103株検出された。 呼吸器感染症の原因となるRSウイルスが20株、ライノウイルス33株、パラインフルエンザウイルス24株、ヒトメタニューモウイルス21株が検出された。

　主にインフルエンザ様患者及び肺・気管支炎患者由来の検体207検体中173検体（83.6%）からウイルスが検出された。
　主な検出ウイルスは、AH3型（香港)18株、AH1型（2009pdm）37株、B型（山形系統）30株、B型（ビクトリア系統）23株、ヒトメタニューモウイルスが1例であり、インフルエンザウイルスが62％を占めた。

　328検体のうち、ほぼ半数が感染性胃腸炎患者由来、残りの半数が熱性疾患・発疹症などの患者由来であり、184検体（56.1%）からウイルスが検出された。
　主に検出されたのは、下痢症関連ウイルスでは、ノロウイルスG�U63株、A群ロタウイルス24株、サポウイルス11株、ノロウイルスG�T5株、アストロウイルス5株であった。
　その他、アデノウイルスが22株、エンテロウイルスが32株、パレコウイルスが20株検出された。

　熱性けいれん、脳・脊髄炎、無菌性髄膜炎患者由来の66検体中、19検体（28.8%）からウイルスが検出された。
　内訳は、コクサッキーウイルスB3型2株、B5型2株、エコーウイルス4型4株、6型3株、25型1株、パレコウイルス3型7株検出された。
　無菌性髄膜炎の原因ウイルスの検索では、便検体からのウイルス検出率が高いが、胃腸炎など他の起因ウイルスも便検体に長期間排出されているため、無菌性髄膜炎の原因ウイルス検索としては、髄液と便など１患者から異なる種別の複数検体の採取が望ましい。

　ウイルス毎の検出時期と地域間の波及の方向をみるため、流行した代表的なウイルスについて旬毎のウイルス検出数を表21に示した。

　2016（平成28）年のヘルパンギーナの主流行ウイルスの一つであり、東部、中部で4月から9月に多数検出され、6月からは西部でも検出された。

　2016（平成28）年の手足口病の主流行ウイルスの一つであり、東部で8月から12月、中部で10月、11月に検出された。

　東部で10月から12月にかけて検出された。

　中部で5月から8月に多数検出され、東部で4月から6月、西部で5月、7月に検出された。

　2015/2016年シーズンは、2015（平成27）年第50週に定点あたりの報告患者数が1人以上となり流行期入りし、2016（平成28）年第3週に定点当たりの報告患者数が20人を超えた。
　A香港型(AH3)は、流行期前の10月下旬から東部、11月下旬から中部、西部で検出された後、4月中旬頃まで継続的に検出され、今シーズンの流行型となった。

　2015/2016年シーズンは、AH1型（2009pdm）、B型（山形系統、ビクトリア系統）とも2月上旬から5月中旬にかけて、散発的に検出された程度で、シーズンの流行に大きな影響を及ぼさなかった。
　しかし、2017（平成29）年7月下旬から8月上旬にかけて、東部においてAH1型（2009pdm）の小流行が発生した。

　2015/2016シーズンは、東部では2015（平成27）年10月上旬から、中部では9月下旬に検出されたのち、10月下旬から継続的に検出されるようになり、西部では10月下旬及び12月下旬に散発的に検出された。2016年には、1月から4月まで全域で継続的に検出された。
　2016/2017シーズン（2016年下期）は、9月頃から中部で検出され始め、10月からは東部、11月から西部でも継続的に検出された。