1982(昭和57)年から開始された感染症サーベイランス事業は、疾患数やシステムを充実・拡大しながら整備され、1999（平成１１）年４月１日からは感染症法の施行に伴い、感染症発生動向調査として法律に基づき行われている。さらに2003(平成15)年11月に感染症法の改正により重症急性呼吸器症候群(SARS）の１類追加や、動物由来感染症の対策強化が行われた。
　全数把握の感染症については、診断した医師が保健所に届け出を行い、発生状況を把握している。また、定点把握感染症は、定点医療機関を受診した患者数を把握することで流行状況を調査している。
定点医療機関は外来でみられる感染症を対象とした、小児科定点が23（東部７，中部７，西部８，隠岐１）、インフルエンザ定点が38（東部11，中部12，西部13，隠岐２）、眼科定点が３（東部１，中部１，西部１）、性感染症（ＳＴＤ）を対象とする定点が６（東部２，中部２，西部２）設定されている。また、対象患者のほとんどが入院患者である疾患については、基幹病院定点が８病院（東部１，中部３，西部３、隠岐１）が設定されている。
　調査は県感染症情報センターが、定点および各医療機関から報告される患者情報を、病原体の検出情報と共に分析することで行われている。その結果は全国情報と合わせ、週報（月単位の場合は月報）として、インターネットのホームページ（ http://www2.pref.shimane.jp/hokanken/kansen/ ）により公開し、県内の医療機関・市町村・教育委員会等の関係機関に対してＥメール・ＦＡＸにより提供し、県民に対して情報還元をはかっている。また、主要な疾患については、週報の地区毎データを、流行の動向が分かる表現に換え山陰中央新報に毎週（水曜日）掲載している。

一類感染症
(1)エボラ出血熱、(2)クリミア・コンゴ出血熱、 (3)重症急性呼吸器症候群（病原体がＳＡＲＳコロナウイルスであるものに限る）、 (4)痘そう、(5)ペスト、(6)マールブルグ病及び(7)ラッサ熱
二類感染症
(8)急性灰白髄炎、(9)コレラ、(10)細菌性赤痢、(11)ジフテリア、(12)腸チフス、(13)パラチフス
三類感染症
(14)腸管出血性大腸菌感染症
四類感染症
(15)Ｅ型肝炎、(16)ウエストナイル熱（ウエストナイル脳炎を含む）、(17)Ａ型肝炎、 (18)エキノコックス症、(19)黄熱、(20)オウム病、(21)回帰熱、(22)Ｑ熱、(23)狂犬病、 (24)高病原性鳥インフルエンザ、(25)コクシジオイデス症、(26)サル痘、(27)腎症候性出血熱、(28)炭疽、(29)つつが虫病、(30)デング熱、(31)ニパウイルス感染症、(32)日本紅斑熱、 (33)日本脳炎、(34)ハンタウイルス肺症候群、(35)Ｂウイルス病、(36)ブルセラ症、 (37)発しんチフス、(38)ボツリヌス症、(39)マラリア、(40)野兎病、(41)ライム病、 (42)リッサウイルス感染症、(43)レジオネラ症、(44)レプトスピラ症
五類感染症
(45)アメーバ赤痢、(46)ウイルス性肝炎（Ｅ型肝炎及びＡ型肝炎を除く）、 (47)急性脳炎（ウエストナイル脳炎及び日本脳炎を除く）、(48)クリプトスポリジウム症、 (49)クロイツフェルト・ヤコブ病、(50)劇症型溶血性レンサ球菌感染症、 (51)後天性免疫不全症候群、(52)ジアルジア症、(53)髄膜炎菌性髄膜炎、 (54)先天性風しん症候群、(55)梅毒、(56)破傷風、(57)バンコマイシン耐性黄色ブドウ球菌感染症、(58)バンコマイシン耐性腸球菌感染症

インフルエンザ定点（週報）
(72)インフルエンザ（高病原性鳥インフルエンザを除く）
小児科定点（週報）
(59)ＲＳウイルス感染症、(60)咽頭結膜熱、(61)Ａ群溶血性レンサ球菌咽頭炎、 (62)感染性胃腸炎、(63)水痘、(64)手足口病、(65)伝染性紅斑、(66)突発性発しん、 (67)百日咳、(68)風しん、(69)ヘルパンギーナ、(70)麻しん（成人麻しんを除く）、 (71)流行性耳下腺炎、
眼科定点（週報）
(73)急性出血性結膜炎、(74)流行性角結膜炎、
性感染症（ＳＴＤ）定点（月報）
(75)性器クラミジア感染症、(76)性器ヘルペスウイルス感染症、(77)尖圭コンジローマ、 (78)淋菌感染症、
基幹病院定点（月報）
(79)クラミジア肺炎（オウム病を除く）、(80)細菌性髄膜炎、 (81)ペニシリン耐性肺炎球菌感染症、(82)マイコプラズマ肺炎、(83)成人麻しん、 (84)無菌性髄膜炎、(85)メチシリン耐性黄色ブドウ球菌感染症、(86)薬剤耐性緑膿菌感染症