ヤマトシジミは河口や、淡水と海水が混じりあう1/3〜1/10海水の塩分濃度の汽水域の湖底に暮らす二枚貝です。日本の内水面（海以外）漁業の中で最も漁獲量が多い水産資源であり、宍道湖の漁業を支えています。
宍道湖では、夏場に無酸素になりにくい水深4m以浅の湖岸部に多く生息し、植物プランクトンなど水中に浮遊する有機物を水と一緒に取り込み、餌にしています。産卵は主として7-9月頃が中心です。産卵が正常に行われ、順調に生育するためには、海水、淡水が混じる宍道湖のように適度な塩分が必要です。
ヤマトシジミのみそ汁は古くから庶民の味として親しまれている松江の味です。アミノ酸やミネラル分を多く含み、健康食品としても注目されています。また最近では、ヤマトシジミが湖の水質浄化に大きな役割を果たしていることがわかっています。
宍道湖の総漁獲量のうち90％以上をヤマトシジミが占めており、宍道湖はまさに”シジミの湖”といっても良いかもしれません。したがって、宍道湖のヤマトシジミの資源維持・増大は、島根県水産技術センターの最大の課題となっています。