2020(R2)年2月1日に指定感染症に指定された新型コロナウイルス感染症は、2021(R3)年2月13日から新型インフルエンザ等感染症に類型変更された。 2021年は、全国でおよそ150万人あまりの感染者が確認され、島根県では1,554人の報告があった。

　全国でも報告がなかった。

　二類感染症は全国でも報告があったのは結核のみであり、全国で16,299件、島根県で65件の報告があった。結核の報告数は全数把握対象疾患（新型コロナウイルス感染症を除く）のうち最多である。

　全国では、細菌性赤痢7件、腸管出血性大腸菌感染症3,243件及び腸チフス4件の報告があった。
　島根県では、2021年に13件の腸管出血性大腸菌感染症の報告があった。2016年以降は報告件数が減少し、10件前後で推移しており、発生状況としては落ち着いている。血清型別では、O157が多い。

血清型	毒素型	1月	2月	3月	4月	5月	6月	7月	8月	9月	10月	11月	12月	計
O16:H5	VT2	1(1)												1(1)
O103:H2	VT1						3(2)	1(1)						4(3)
O115:H10	VT1						1(1)							1(1)
O157:H7	VT2						1						2(1)	3(1)
	VT1VT2							1	1				1(1)	3(1)
O169:H9	VT1					1(1)								1(1)
合計		1(1)				1(1)	5(3)	2(1)	1				3(2)	13(8)

　四類感染症は、全国ではレジオネラ症(2,133件)、つつが虫病(544件)、日本紅斑熱(490件)、E型肝炎(460件)の報告数が多かった。
　ダニ媒介感染症には地域差が見られ、SFTSは九州、中国・四国地方に多く、日本紅斑熱は関東以西、つつが虫病は東北地方も含んで発生している。
　島根県での4類感染症の発生状況は、日本紅斑熱36件、SFTS13件、レジオネラ症7件、つつが虫病7件、E型肝炎1件、オウム病1件の報告があった。ダニ媒介感染症はつつが虫病がやや多く、日本紅斑熱とSFTSは過去最多の報告数であった。

　全国では梅毒の報告数が7,978件あり、報告数の増加が続いている。一方で性的接触による感染が多い後天性免疫不全症候群(1,053件)、アメーバ赤痢(537件)は減少している。
　島根県での5類感染症の発生状況では、カルバペネム耐性腸内細菌科細菌感染症が33件で最も多かった。その外、 ウイルス性肝炎4件、後天性免疫不全症候群4件、劇症型溶血性レンサ球菌感染症3件、侵襲性インフルエンザ菌感染症3件、アメーバ赤痢2件、水痘（入院例）2件、急性脳炎1件、播種性クリプトコックス症1件、百日咳1件の報告があった。

　島根県では報告がなかったが、全国では細菌性赤痢のサルが10件、エキノコッカス症の犬が2件、鳥インフルエンザの鳥類が2件報告された。