全国でも報告がなかった。

　二類感染症は全国でも報告があったのは結核のみであり、全国で23,854名、島根県で117名の報告があった。結核の報告数は全数把握対象疾患のうち最多である。

　全国では、コレラ10名、細菌性赤痢121名、腸管出血性大腸菌感染症3,641名、腸チフス52名及びパラチフス19名の報告があった。島根県では、腸管出血性大腸菌感染症12名の報告があった。
　全国の腸管出血性大腸菌感染症の報告数は、4,000名前後で推移している。2011年のO157の死亡事例により、生食用の牛肉の取扱い基準が定められたほか、牛レバーの生食が禁止されたが、患者数の減少は見られていない。
　島根県の12名の報告は、過去最低レベルの数である。

血清型	毒素型	1月	2月	3月	4月	5月	6月	7月	8月	9月	10月	11月	12月	計
O26:H11	VT1				5(3)		1							6(3)
O157:H7	VT2								4(2)					4(2)
	VT1VT2							1						1
O157	VT2						1							1
合計					5(3)		2	1	4(2)					12(5)

　四類感染症では、島根県で日本紅斑熱15名、レジオネラ症4名、重症熱性血小板減少症候群（SFTS）3名、つつが虫病2名、日本脳炎2名、A型肝炎1名、デング熱1名、レプトスピラ症1名の報告があった。
　全国ではレジオネラ症の1,592名が最も多く、次いでダニ媒介性のつつが虫病の報告が500名あった。デング熱は東南アジアの流行の影響により338名の報告があった。日本紅斑熱は、全国で275名の報告があり、過去最多の報告である。リオオリンピック関連で話題となったジカウイルス感染症が2016年2月15日から四類感染症に追加され、全国で12名の報告があった。
　五類感染症では、侵襲性肺炎球菌感染症が18名、カルバペネム耐性腸内細菌科細菌感染症16名、アメーバ赤痢6名等の感染症が多く報告された。全国では梅毒の報告数が4,518名あり、2015年の2,660名に比べ約2倍に増加した。

　島根県では報告がなかったが、全国では細菌性赤痢のサルが5件、エキノコッカス症の犬が1件報告された。